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聚合酶链式反应（PCR）是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术，它可看作是生物体外的特殊DNA复制，PCR的最大特点是能将微量的DNA大幅增加。PCR技术的基本原理类似于DNA的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。
PCR反应五要素：参加PCR反应的物质主要有五种即：引物(PCR引物为DNA片段，细胞内DNA复制的引物为一段RNA链）、酶、dNTP、模板和缓冲液（其中需要Mg2+）。
　　引物有多种设计方法，由PCR在实验中的目的决定，但基本原则相同。PCR所用的酶主要有两种来源：Taq和Pfu，分别来自两种不同的噬热菌。其中Taq扩增效率高但易发生错配。Pfu扩增效率弱但有纠错功能。所以实际使用时根据需要必须做不同的选择。
　　模板即扩增用的DNA，可以是任何来源，但有两个原则，第一纯度必须较高，第二浓度不能太高以免抑制。
　　缓冲液的成分最为复杂，除水外一般包括四个有效成分：缓冲体系，一般使用HEPES或MOPS缓冲体系；一价阳离子，一般采用钾离子，但在特殊情况下也可使用铵根离子；二价阳离子，即镁离子，根据反应体系确定，除特殊情况外不需调整；辅助成分，常见的有DMSO、甘油等，主要用来保持酶的活性和帮助DNA解除缠绕结构。
DNA分子提取得到以后，需要通过电泳技术来检测其数量和质量，按相对分子质量大小分离DNA的凝胶电泳技术，是一种分析鉴定DNA分子的重要实验手段。
　　当一种分子被放置在电场当中时，它们就会以一定的速度移向适当的电极，这种电泳分子在电场作用下的迁移速度，叫做电泳的迁移率。它同电场的强度和电泳分子本身所携带的净电荷数成正比。也就是说，电场强度越大、电泳分子所携带的净电荷数量越多，其迁移的速度也就越快，反之则较慢。
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PCR扩增后一般进行琼脂糖凝胶电泳分析，电泳后一般有以下几种条带：
1、引物带。引物浓度过高或是扩增效率不是特别高时都会有，一般不呈现为细带，为发散状；如果目的扩增产物带和引物带都很亮，可以考虑适当降低引物量。
2、引物二聚体带。比引物跑得慢一点，条带清晰，但如果扩增产物小于100bp时，产物与引物二聚体就不好分别了，建议采用DNA聚丙烯酰胺电泳（不是蛋白质的SDS聚丙烯酰胺电泳）；如果引物二聚体在优化复性温度后仍然严重影响目的产物的扩增，优先考虑更换引物设计（因为引物合成的成本比反复优化条件的成本低）
3、目的扩增产物带。其大小与设计大小相同，条带清晰。
4、非特异扩增产物带。其大小与设计大小不相同，条带清晰。一般考虑通过提高复性温度来减少或消除（也可用温度梯度功能来寻找zui佳的复性温度，东胜龙811型PCR仪就有此功能）。如果其片段大小比目的片段大较多，可以通过减少延伸时间来减少或消除（即不给它足够的延伸时间）。还有一种非特异扩增产物带是来自于逆转录PCR实验时的基因组DNA的污染，如果目的扩增产物中有内含子，扩增产物很可能大于目的基因。这种条带通过优化复性温度是不能消除的，可以在逆转录前用无RNA酶的DNA酶进行样本处理。
5、模板DNA带。模板浓度过高时可能出现。如果是基因组DNA为模板，条带可能会很乱且较大。一般进行PCR扩增时，模板浓度都不要太大，否则会产生一些比目的基因长一点的杂质DNA（可能不成条带，也看不到），这是由PCR扩增原理造成的。

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